Bis heute spiegelt sich die „Dualität der Macht“ in den Dzongs von Bhutan wider, indem weltliche und religiöse Funktionen Seite an Seite unter einem Dach leben: auf der einen Seite früher der regionale Fürst oder Penlop, heute der Dzongda oder Distriktgouverneur; in einem separaten Teil das Kloster mit seinen vielen Tempeln unter einem hochrangigen Abt mit seinen Mönchen.
Viele Dzongs wurden in der Nähe eines Flusses oder am Zusammenfluss zweier Flüsse erbaut. Traditionell erreicht man sie über hölzerne und überdachte Bazams oder Kragbrücken.
Traditionell werden Dzongs ohne den Einsatz von Bauplänen konstruiert. Stattdessen erfolgt der Bau unter der Leitung eines hohen Lamas, der jede Dimension durch spirituelle Inspiration festlegt. Die Standorte für Dzongs wurden in Bezug auf ihre Funktion als Verteidigungsforts ausgewählt. Über einigen Dzongs, direkt bergauf, wurde ein Ta-Dzong oder Wachturm errichtet: Sein Zweck war es, den Hang oberhalb frei von Angreifern zu halten, die sonst Feuerpfeile auf die hölzernen Schindeldächer schießen und den Dzong zerstören könnten. Trongsa Dzong und Paro Dzong sind Beispiele. Einige der Verteidigungsmerkmale von Dzongs sind die steilen hölzernen Ziehleitern und schweren Holztüren, die nachts oder bei Angriffen geschlossen werden. Die schweren Mauerwerksvorhänge umgeben normalerweise einen oder mehrere Innenhöfe. Im Zentrum eines Hofes steht normalerweise ein Utze, ein Turm mit Tempeln auf verschiedenen Ebenen, der als innere wehrhafte Zitadelle genutzt werden kann. Utzes und andere religiöse Gebäude, wie alle anderen Strukturen, sind innen und außen weiß getüncht, aber durch ein breites, rotes Ockerband am äußeren oberen Rand gekennzeichnet. Die größeren Innenräume von Tempeln und Hallen haben massive Holzsäulen und -balken, die aufwendig geschnitzt und bemalt sind. Einige Säulen sind mit vergoldeten Kupferblechen verkleidet. Die Balken und Säulen schaffen manchmal mehrstöckige Galerien um einen offenen zentralen Bereich.
Die beim Bau eines Dzong verwendeten Materialien bestehen aus verdichteter Erde, Steinen und Holz in Böden, Decken, Türen und Fenstern. Die Dächer sind massiv aus Hartholz und Bambus konstruiert und an den Traufen hoch dekoriert. Traditionell wurden sie ohne den Einsatz von Nägeln konstruiert. Sie sind an den Traufen offen, um einen belüfteten Lagerbereich zu bieten. Die Dächer waren traditionell mit Holzschindeln gedeckt, die mit Steinen beschwert wurden; aber in fast allen Fällen wurden sie mittlerweile durch Wellblech ersetzt. Die Höfe sind normalerweise mit Steinplatten belegt. Alle Türen haben hohe Schwellen, um den Eintritt böser Geister zu erschweren.