Der Punakha Dzong, auch bekannt als Druk Pungthang Dechen Phodrang Dzong (Palast des Großen Glücks), ist der bedeutendste Dzong Bhutans, erbaut 1637-38 von Shabdrung Ngawang Namgyal, dem Gründer Bhutans als einheitliche Nation. In einem geheimen Tempel liegt er einbalsamiert im Staatsbegräbnis und wird bis heute als lebender Gott verehrt.
Er wurde 1594 in Ralung, Tibet, geboren, als Nachkomme des Ahnherren der monastischen Drukpa-Linie des Mahayana-Buddhismus. Er war der rechtmäßige Abt des Klosters Ralung, dem traditionellen Sitz der Drukpa-Kagyü-Schule. Nachdem er von einem Rivalen vertrieben wurde und eine Verhaftung drohte, verließ er 1616 Tibet und ging nach Bhutan. Er folgte einer Vision, die ihm Mahakala sandte, um den Buddhismus in Bhutan zu stärken. Als eindrucksvolle Persönlichkeit überwand er die Spaltung der kriegführenden Herrscher und wurde bald der höchste weltliche und religiöse Führer Bhutans. Um die neue Machtstruktur Bhutans zu festigen, errichtete er eine Kette von 16 großen Dzongs (Klosterburgen) in den Haupttälern Westbhutans als Zentren der religiösen und zivilen Autorität. Der Punakha Dzong ist der zweitälteste und majestätischste Dzong in Bhutan. Er misst 180 Meter in der Länge mit einer Breite von 72 Metern und verfügt über drei Docheys (Innenhöfe) und drei Utzes (Tempeltürme).
Warum wählte Shabdrung diesen Ort für den Punakha Dzong, an dem er lebte und bis zu seinem Tod im Jahr 1651 herrschte? Dies wird einer Prophezeiung von Guru Padmasambhava zugeschrieben: An einem Ort, der dem Kopf eines Elefanten ähnelt, sollte Shabdrung seine Festung errichten. Der Berg über dem Zusammenfluss der beiden Flüsse Mo Chhu (Mutterfluss) und Po Chhu (Vaterfluss) kann als Kopf gesehen werden, das schmale flache Gebiet zwischen den beiden Flüssen als der Rüssel des Elefanten, auf dem der Dzong erbaut wurde. Während des Winters ist dieser Dzong die Residenz Seiner Heiligkeit, des Je Khenpo, des Oberabtes des Königreichs, mit mehr als 500 Mönchen. Alle Könige Bhutans wurden hier gekrönt. Der derzeitige König, S.M. Jigme Khesar Namgyel Wangchuck, am 1. November 2008. Bis 1955 war der Punakha Dzong der Sitz der Regierung Bhutans, bevor sie nach Thimphu verlegt wurde.